Années 90 : nouveau succès dans le championnat du monde des rallyes (WRC)
La présence de ŠKODA dans le sport automobile moderne a commencé avec le Rallye Monte-Carlo de 1991. L'équipage Sibera/Gross, au volant d'une ŠKODA FAVORIT 136 L, remporte la catégorie quatre années de suite (1991-1994). En 1994, ŠKODA remporte également la Coupe F2 du Championnat du monde des rallyes de la FIA pour les véhicules équipés de moteurs de moins de deux litres. En 1996, la nouvelle ŠKODA FELICIA Kit-Car remporte sa catégorie au Rallye MonteCarlo, toujours avec l'équipage Sibera/Gross. Avec le professionnel suédois Stig Blomqvist au volant, la ŠKODA FELICIA Kit-Car obtient également une remarquable troisième place au classement général du RAC Rallye au Royaume-Uni. En janvier 1997, Emil Triner/Julius Gál renouvèle la victoire de la catégorie Rallye Monte-Carlo.
Avec la ŠKODA OCTAVIA WRC, introduite en 1999, l'équipe officielle participe pour la première fois au championnat du monde des rallyes de la FIA au plus haut niveau. Le véhicule à transmission intégrale de 300 ch avec moteur turbo est la première voiture de WRC de ŠKODA. 2001 a été une année remarquablement réussie pour ŠKODA Motorsport. L'équipage allemand du constructeur Armin Schwarz/Manfred Hiemer commence la saison en terminant le Rallye Monte-Carlo à la quatrième place au classement général. Quelques semaines plus tard, le rallye longue distance le plus difficile du championnat, le Safari Rallye au Kenya, voit le plus grand succès du constructeur automobile en WRC : Schwarz/Hiemer obtiennent une remarquable troisième place au classement général. La ŠKODA OCTAVIA WRC a également remporté de nombreux championnats nationaux. De 2003 à 2007, le modèle qui lui succède, la ŠKODA FABIA WRC, a un grand impact sur les résultats du constructeur. En 2005, le légendaire Colin McRae était sur le point de terminer à la deuxième place du WRC en Australie, lorsque, malheureusement, un problème au moment du ravitaillement l'arrête.